Крупный бизнес, инвестирующий в развитие производства, оказался в сложной ситуации: компании, использовавшие несколько преференциальных режимов одновременно, столкнулись с масштабными налоговыми доначислениями и штрафами. По словам главы Российского союза промышленников и предпринимателей Александра Шохина, для ряда предприятий объём доначислений оказался сопоставим с годовой выручкой и прибылью. Споры касаются совмещения таких инструментов, как соглашения о защите и поощрении капиталовложений (СЗПК), федерального и регионального инвестиционного вычета, режимов территорий опережающего развития (ТОР) и особых экономических зон (ОЭЗ). «В таких условиях стимулировать инвестиции довольно сложно», — заявил Александр Шохин. Параллельно, по данным ФНС, кратно выросло число выездных налоговых проверок, а сумма доначислений крупному бизнесу за первый квартал 2026 года увеличилась в 8 раз по сравнению с аналогичным периодом прошлого года.
Как совмещение льгот привело к доначислениям
Как пишут «Ведомости» со ссылкой на заявление главы РСПП, проблема возникла в ситуациях, когда компания применяла несколько преференциальных механизмов одновременно: например, СЗПК, федеральный инвествычет (ФИНВ), региональный ИНВ, либо была резидентом ТОР, ОЭЗ, использовала инструменты кластерной инвестиционной платформы или регионального инвестиционного проекта (РИП). В начале июля Минфин опубликовал разъяснения, запрещающие совмещать преференции по СЗПК и ТОР, указав, что налогоплательщик должен выбрать один из режимов. Эксперты отмечают, что позиция финансового ведомства имеет «ярко выраженный ограничительный характер» и может быть распространена и на другие сочетания льгот, хотя формального запрета в законодательстве нет.
Как растёт количество проверок и доначислений
Статистика ФНС демонстрирует резкий рост активности. За январь – март 2026 года крупному бизнесу доначислили 9,4 млрд рублей — в 8 раз больше, чем в аналогичном периоде 2025 года. Количество выездных проверок крупнейших налогоплательщиков выросло с 13 до 42, а среднее доначисление увеличилось на 58% — до 223,5 млн рублей. Партнёр Kept Алиса Мелконян связывает усиление администрирования с ростом потребности в сборе налогов. Налоговики активно используют данные цифровых аналитических инструментов и межведомственное взаимодействие (с ФТС, МВД и другими ведомствами).
Какие претензии предъявляют к IT-компаниям и резидентам «Сколково»
Отдельный пласт споров связан с IT-льготами и статусом резидентов инновационных центров. По словам партнёра «Тедо» Раисы Алексахиной, налоговики усилили контроль за процедурными вопросами правильного выбора льгот на конкретный налоговый период. Если налогоплательщик заранее не сообщил об отказе от применения «сколковской» льготы, ему отказывают и в IT-льготе, что приводит к серьёзным доначислениям, пеням и штрафам. До марта 2025 года действовал мораторий на проверки IT-компаний, который сформировал у многих предпринимателей ощущение, что претензий за прошлые периоды уже не будет. Однако после отмены моратория начались массовые ретроспективные проверки — за три года.
Какова позиция ФНС и что говорят эксперты
Представитель ФНС подтвердил, что применяется риск-ориентированный подход, а проверки инициируются при выявлении рисков нарушения законодательства и отсутствии добровольного уточнения. Ведомство информирует о рисках до решения о проверке, чтобы компании могли уточнить обязательства добровольно. Однако эксперты отмечают: разница между обычной и льготной ставкой налога на прибыль за три года с учётом пеней при высокой ключевой ставке и 40-процентного штрафа сопоставима с годовой выручкой компании. Александр Шохин подчеркнул, что РСПП выступает за возможность сочетания ФИНВ с СЗПК, специнвестконтрактом и РИП, и призвал к более взвешенному подходу.
Коротко: главное о налоговых спорах крупного бизнеса
-
В чём суть проблемы? Крупные компании получают доначисления за совмещение нескольких инвестиционных льгот, что формально не запрещено, но оспаривается налоговиками.
-
Насколько выросли проверки и доначисления? Количество выездных проверок выросло с 13 до 42, доначисления за квартал — в 8 раз (до 9,4 млрд рублей).
-
Какие отрасли под ударом? Прежде всего компании, использующие СЗПК, ТОР, ОЭЗ, РИП, СПИК, а также IT-сектор и резиденты «Сколково».
-
Почему это важно? Для ряда компаний доначисления сопоставимы с годовой выручкой, что подрывает инвестиционные стимулы.
-
Какова позиция бизнеса? РСПП настаивает на легальности совмещения льгот и призывает к диалогу с регуляторами.
Резюме
-
Крупный бизнес столкнулся с масштабными доначислениями за совмещение инвестиционных льгот, что формально не запрещено, но оспаривается налоговиками.
-
Количество выездных проверок крупнейших налогоплательщиков выросло в 3,2 раза, доначисления — в 8 раз (9,4 млрд рублей за квартал).
-
Основные споры — вокруг СЗПК, ТОР, ОЭЗ, а также IT-льгот и статуса резидентов «Сколково».
-
После отмены моратория на проверки IT-компаний начались массовые ретроспективные доначисления за три года.
-
Глава РСПП Александр Шохин заявил, что стимулировать инвестиции в условиях чрезмерно жёсткого администрирования крайне сложно.
Материал подготовлен изданием «Техносуверен» (technosuveren.ru).
Дата публикации: 3 августа 2026 года.
